燃料电池系统的工作原理主要可以分为五个步骤。

1. 燃料和氧化剂供应：燃料电池需要燃料和氧化剂来运行。燃料通常是氢气或某种含氢的碳氢化合物。氧化剂是空气中的氧气或纯氧。这些物质通过各自的供应系统被输送到燃料电池堆中。

2. 电化学反应：在燃料电池中，燃料在阳极（负极）处被氧化，氧化剂在阴极（正极）处被还原。在此过程中，燃料分子中的电子会从阳极通过电解质传递到阴极，从而产生电流。这个电化学反应是燃料电池产生电力的核心过程。

3. 电解质的作用：电解质是离子导体，用于传输质子（即氢离子），从而实现燃料分子与氧原子的化学反应过程。在这个反应过程中，电子通过外部电路流动形成电流，从而产生电力。

4. 能量转换：在电化学反应过程中产生的电能可以被直接用于驱动电动机等设备，或者通过变压器等设备转换为其他形式的能量（如热能或机械能）。

5. 废气排放：燃料电池的废气主要是水和二氧化碳。如果使用的是氢气作为燃料，那么产生的废物只有水。这些废物对环境无害，因此燃料电池被认为是环保的能源转换技术。

总的来说，燃料电池系统的工作原理是通过化学反应将燃料和氧化剂的化学能转化为电能，这种转化过程高效且环保。